Több fórumot is átolvasva és arra jutottam, hogy erre a problémára nincs igazi megoldás. A háttérben futó log4j okozza ezt a hibát a szolgáltatás leállítása után, de a két fejlesztő csapat (a log4j és az Alfresco) csak egymásra mutogatott sokáig.
Egy megoldásként a teljes repository újrakészítését ajánlják, a másik megoldás a frissítés. Ezzel csak annyi a probléma, hogy a 4.0-s community változat már PostgreSQL-t használ a MySQL helyett, így az adatbázist migrálni kellene. Erre van egy kiegészítő, amit lehetne használni, de nekem egyelőre ehhez még kevés adatom volt fent, hogy megérje kipróbálni. Így nem maradt más, mint a 4.0-s változatban újra létrehozni a struktúrát és feltölteni az anyagokat.